Thị trấn Yên Ninh cách trung tâm thành phố Ninh Bình 12 km về phía đông nam dọc theo quốc lộ 10 nối tới thị trấn Phát Diệm, có vị trí địa lý:

• Phía bắc giáp các xã Khánh Hải, Khánh Hội
• Phía đông nam giáp các xã Khánh Nhạc, Khánh Hồng
• Phía tây giáp các xã Yên Phong, Yên Từ, huyện Yên Mô
• Phía nam giáp xã Khánh Nhạc, Khánh Hồng
• Phía tây bắc giáp xã Khánh Vân.

Thị trấn Yên Ninh có diện tích 8,03 km² dân số là 14.236 người , mật độ dân số đạt 1.773 người/km².[2]

Tại khu phố 2 của thị trấn có chợ Huyện.